سعید امامی، از متهمان اصلی پرونده مشهور به قتل‌های زنجیره‌ای، در بازجویی‌های خود به قتل احمد خمینی اعتراف کرده است. او گفته است دستور این قتل به تایید شماری از روحانیان ارشد حکومت رسیده بود.
ابعاد واقعی پرونده مشهور به قتل‌های زنجیره‌ای که در دهه‌ی هفتاد خورشیدی رخ داد هنوز ناروشن است. در این ماجرا ده‌ها نویسنده و فعال سیاسی قربانی شدند. گفته می‌شود دامنه‌ی این قتل‌ها به حذف احمد خمینی فرزند نخستین رهبر جمهوری اسلامی نیز کشیده شده است.اعتراف بی‌سابقه وزارت اطلاعات
پرونده قتل‌های زنجیره‌ای پس از کشته شدن دو عضو موثر کانون نویسندگان، محمد مختاری و محمد جعفر پوینده، داریوش فروهر رهبر حزب ملت ایران و همسرش پروانه اسکندری به یکی از بزرگترین رسوایی‌های جمهوری اسلامی در سال‌های پایانی دهه‌ی هفتاد خورشیدی تبدیل شد. ظاهرا شمار قربانیان برنامه‌ای که از سوی وزارت اطلاعات به اجرا گذاشته شد به بیش از هشتاد نفر می‌رسد.
در ماه‌های پایانی سال ۷۷ رئیس جمهور پیشین، محمد خاتمی که بخشی از قتل‌ها در دوران او اتفاق افتاده بود کمیته‌ی ویژه‌ای را مامور تحقیق در مورد این پرونده کرد. وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی دی‌ماه ۷۷ با انتشار بیانیه‌ی بی‌سابقه‌ای اعتراف کرد که شماری از همکاران و ماموران این وزارت‌خانه در این قتل‌ها دست داشته‌اند.
شناسنامه سعید امامیدر روایت‌های رسمی قتل‌های زنجیری توسط یک "گروه خودسر" از ماموران اطلاعاتی به رهبری سعید امامی، معاون سابق وزارت اطلاعات، انجام شده است. این گروه وابسته به سرویس‌های اطلاعاتی خارجی به ویژه اسرائیلی معرفی شده است. رهبر جمهوری اسلامی، علی خامنه‌ای نیز در یکی از خطبه‌های نماز جمعه گفته بود عاملان این قتل‌ها با "دشمنان خارجی" در ارتباط بودهاند.
سعید امامی پس از مدتی بازجویی به طرز مشکوکی در بیمارستان زندان درگذشت. مرگ او خودکشی از طریق خوردن داروی نظافت عنوان شده است. متن این بازجویی‌ها تا کنون به طور رسمی منتشر نشده است. با این همه پیگیری‌های وکیلان تعدادی از قربانیان و چند روزنامه‌نگار نقش تعدادی از روحانیان و مقام‌های ارشد در این قتل‌ها را آشکار کرده است.
مطابق اطلاعاتی که در بیش از یک دهه گذشته به دست آمده قتل‌های سال ۷۷ بخشی از یک برنامه‌ی گسترده‌ی حذف فیزیکی مخالفان در داخل و خارج بوده است که امکان اجرای آن بدون اطلاع و موافقت بالاترین مسئولان کشور از جمله علی خامنه‌ای ناممکن به نظر می‌رسد. ظاهرا پسر روح‌الله خمینی، نخستین رهبر جمهوری اسلامی نیز به وسیله همین "گروه خودسر" کشته شده است.
امامی، "سرباز گوش به فرمان ولایت"
سایت خبری جرس روز جمعه، ۲۶ اسفند ۱۳۹۰، کپی متن یک صفحه از بازجویی‌های سعید امامی را منتشر کرده است که چگونگی تصمیم‌گیری در مورد قتل‌ها را افشا می‌کند. امامی می‌گوید: «من از آغاز انقلاب تا به امروز سرباز گوش به فرمان نظام مقدس اسلامی و مقام ولایت بوده و هستم، هیچگاه بدون کسب اجازه و یا بدون دستورات مقامات عالی نظام کاری انجام نداده‌ام.» اطلاعاتی که در سال‌های گذشته در مورد زندگی و فعالیت‌های سعید امامی منتشر شده این ادعا را تایید می‌کند.
سعید امامی در بازجویی، خود را بیگناه خوانده و گفته است: «کسانی که حذف شده‌اند، مرتد، ناصبی و محارب بودهاند. حکم مجازات آنها مثل همیشه به ما تکلیف شده است و ما آنچه کرده‌ایم اجرای تکالیف شرعی بوده است نه قتل و جنایت …» او می‌گوید دستور قتل افراد "به روال معمول همیشگی" توسط وزیر سابق اطلاعات، علی فلاحیان، و به صورت حکم شرعی به او ابلاغ می‌شده است.
امامی چنین اعتراف می‌کند: «از مدتها پیش قرار بر این بود که عوامل مؤثر فرهنگی وابسته که توطئه تهاجم فرهنگی را در ایران پیاده می‌کردند و جمعا صد نفر بودند اعدام شوند.» برخی از وکیلان پرونده قتل‌های زنجیره‌ای از جمله شیرین عبادی گفته‌اند که در مطالعه بخشی از این پرونده که در اختیارشان قرار گرفته این فهرست را با امضای قربانعلی دری نجف‌آبادی، وزیر اطلاعات کابینه‌ی اول خاتمی، دیده‌اند.
در بخشی دیگر از بازجویی امامی روند صدور احکام شرعی قتل افراد تشریح شده است. او می‌گوید: «فلاحیان با وجود آنکه خود حاکم شرع بود، اما معمولا و در موارد حساس احکام حذف محاربان را شخصا صادر نمی‌کرد. او این احکام را از آیت‌الله خوشوقت، آیت‌الله مصباح، آیت‌الله خزعلی، آیت‌الله جنتی و گاها نیز از حجت‌الاسلام محسنی اژه‌ای دریافت می‌کرد و بدست ما می‌داد.» این افراد همه از نزدیکان و معتمدان خامنه‌ای هستند و آیت‌الله خوشوقت از اعضای بانفوذ دفتر اوست.
حذف احمد خمینی به جرم "خصومت با ولی امر"
به گفته‌ی سعید امامی قربانیان قتل‌های زنجیره‌ای محارب شناخته می‌شدند و قتل آنها با حکم "حفظ نظام از واجبات است" انجام می‌شد. این عبارتی است که توسط روح‌الله خمینی برای توجیه قتل عام زندانیان سیاسی در سال ۶۷ به کار گرفته شد و سرانجام برای کشتن پسر خودش نیز کاربرد پیدا کرد.
امامی می‌گوید او و همکارانش زمانی باخبر شدند که احمد خمینی در دیدارهای خصوصی "به مسئولان نظام و حتی به ولایت امر اهانت می‌کند". چنانکه در متن بازجویی آمده با گزارش این موضوع به مقام‌های تصمیم‌گیرنده دستور زیر نظر گرفتن احمد خمینی و سرانجام قتل او صادر می‌شود.
امامی می‌گوید: «وقتی دستور حذف حاج احمد آقا را آقای فلاحیان به من ابلاغ کرد مضطرب شدم و حتی به تردید فرو رفتم. دو روز بعد همراه با آقای فلاحیان به دیدار آیت‌الله مصباح رفتیم، آقایان محسنی اژه‌ای و بادامچیان هم آنجا بودند البته بعدا حاج آقا خوشوقت هم از بیت آمدند آنجا و نظر جمع بر این بود که نباید به کسانی که با ولی امر مسلمین خصومت می‌کنند، رحم کرد.»
